در این بخش کارهای تخصصی و تحقیقاتی در زمینه مولکولی با روش های مبتنی بر DNA  انجام می پذیرد . از جمله کارهای تشخیصی مولکولی و شناسایی انگل های بیماریزا شامل تعیین هویت گونه و ژنوتیپ های بلاستوسیستیس، اکینوکوکوس، اکانتاموبا، تعیین هویت سویه های توکسوپلاسما و شناسائی گونه های لیشمانیا و... می باشد. در این قسمت پس از استخراج DNA با دستگاه PCR آنرا تکثیر و بر روی آگارز محصول PCR الکتروفورز حاصل تکثیر بررسی می گردد. 
این آزمایشگاه مجهز به تجهیزات ذیل می باشد:

  • ژل داک
  • هات پلیت شیکر دار
  • انکوباتور شیکر دار
  • هود لامینار
  • ترموسایکلر
  • پاور الکتروفورز